Tinjauan Medis : dr. Hadian Widyatmojo, SpPK
Pemerksaan Polymerase Chain Reaction (PCR) saat ini sudah sangat berkembang. Alat PCR yang saat ini beredar memilki waktu pemeriksaan yang lebih cepat dibandingkan jenis yang konvensional, ala ini disebut... RT-PCR (Real time PCR). Pada kasus pandemi covid-19 PCR yang digunakan adalah jenis reverse transcriptase PCR dimana dapat mengubah RNA virus menjadi cDNA agar dapat dilakukan pemeriksaan lebih lanjut. Pada pemeriksaan deteksi SARS-CoV2 dengan PCR, sampel yang digunakan adalah saluran perapasan, secara umum rekomendasinya adalah menggunakan hapusan tenggorok (swab nasofaring dan swab orofaring), kecuali pada kasus tertentu. Pengambilan swab ini harus dilakukan oleh tenaga terlatih oleh karena tingkat kesulitanya dan juga risiko tindakanya. Setelah dilakukan swab, sampel akan dimasukan dalam mmedia transport khusus dan diperiksa pada laboratorium yang memiliki fasilitas PCR. Pemeriksaan PCR terdiri atas 2 proses besar yaitu ekstraksi asam nukleat dan juga deteksi, hal ini biasanya memakan waktu sekitar 5-6 jam sampai hasil pemeriksaan didapatkan. Pemeriksaan PCR merupakan pemeriksaan baku emas (gold standard) pada banyak kasus infeksi, salah satunya Covid-19, karena memiliki spesifisitas paling baik dibandingkan metode pemeriksaan lain. Read more
Pemeriksaan untuk tes Covid-19 yang saat ini dianggap lebih efektif adalah PCR (polymerase chain reaction) swab yang bisa memberikan hasil lebih akurat dibanding tes antibodi yang menggunakan sampel darah. [3]
Daftar isi
Fungsi PCR
Sejak dulu, PCR sudah digunakan untuk berbagai jenis tes untuk membantu tenaga kesehatan mendiagnosa dan mengobati pasien.
PCR adalah tes real-time yang paling spesifik untuk mendeteksi patogen microba yang ada dalam sampel yang diperiksa, terutama bila patogen tersebut membutuhkan waktu yang lama untuk muncul dalam sampel – seperti antibodi dalam darah. [2, 3]
Tidak hanya melalui swab, sampel untuk tes PCR juga bisa diambil dari jaringan kulit, darah, hingga sumsum tulang, tergantung dari tujuan dilakukannya tes tersebut serta alat PCR yang digunakan. PCR bisa mendeteksi kelainan genetik, HIV, hingga memastikan hubungan biologis dalam suatu garis keturunan. [2, 3]
Dalam artikel ini, yang akan dibahas adalah kegunaan PCR sebagai alat diagnosa untuk penyakit menular, termasuk yang disebabkan oleh bakteri atau virus. Salah satu penyakit yang bisa didiagnosa dengan cepat oleh PCR adalah influenza, termasuk yang masih tergolong baru. [2, 3]
PCR Sebagai Alat Tes Covid-19
Tes PCR untuk deteksi Covid-19 menggunakan spesimen atau sampel dari saluran nafas atas dan bawah (swab nasal, nasofaring atau orofaring, serta broncho alveolar lavage) yang diambil dari orang-orang yang diduga terinfeksi Covid-19. Dari sampel tersebut akan dilihat apakah nucleic acid (RNA) dari virus SARS-CoV-2 ada atau tidak. [1, 4]
RNA dalam SARS-CoV-2 umumnya bisa dideteksi dalam spesimen pernafasan ketika berada dalam fase infeksi akut. Hasil positif menunjukkan adanya RNA dari SARS-CoV-2; namun, informasi klinis lain yang berhubungan dengan riwayat kesehatan pasien juga penting untuk menentukan status infeksi pasien. 1, 4]
Hasil negatif Covid-19 melalui tes PCR pada penderita Covid-19 dapat terjadi karena jumlah virus yang masih sedikit, sehingga tidak terdeteksi. Pada kasus ini, hasil PCR belum dapat dijadikan kesimpulan akhir karena harus digabungkan dengan observasi klinis, riwayat kesehatan pasien dan informasi lainnya. Bila diperlukan, pemeriksaan PCR dapat diulangi kembali jika secara klinis mengarah pada Covid 19. [1]
Tes PCR hanya boleh dilakukan oleh tenaga kesehatan yang sudah terlatih.
Perbedaan Antara PCR dengan RT-PCR
PCR atau Polymerase Chain Reaction menggunakan alat Thermal Cycler PCR yang mampu mengamplifikasi fragmen DNA secara in vitro. Dalam perkembangannya, dibuatlah teknik Real Time PCR (RT-PCR) yang mampu mengevaluasi dan melakukan kuantifikasi secara langsung. Teknik ini dilakukan dengan mengintegrasikan teknik PCR dengan komputer dan software khusus.
Karena penjelasan ini, maka PCR sering juga disebut sebagai PCR tradisional atau konvensional.
Hasil amplifikasi DNA dengan PCR konvensional, pengamatan keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi dengan menggunakan gel agarose setelah dilakukan proses eletroforesis. Sedangkan analisa menggunakan RT-PCR memungkinkan untuk dilakukannya pengamatan pada saat reaksi berlangsung.
Keberadaan DNA hasil amplifikasi dapat diamati pada grafik yang muncul sebagai hasil akumulasi fluorosensi dari penanda (probe). Pada RT-PCR pengamatan hasil tidak lagi membutuhkan tahap elektroforesis, sehingga waktu yang dibutuhkan untuk pembacaan menjadi lebih singkat.
Prosedur PCR Swab Test
Tidak ada persiapan khusus yang harus dilakukan oleh pasien sebelum tes. Namun, bila dalam hidung ada banyak lendir, maka pasien akan diminta untuk membersihkannya dulu agar akses menuju nasofaring lebih mudah.
Sampel saluran nafas yang digunakan untuk PCR diambil melalui swab nasofaring atau nasal. Sampel harus diambil dalam jangka waktu 3-4 hari sejak muncul gejala. [1, 4]
- Kepala pasien akan dimiringkan sedikit ke arah belakang agar saluran nasal lebih mudah diakses
- Dokter atau perawat kemudian akan memasukkan swab melalui hidung menuju nasofaring – swab ini berbentuk mirip seperti cotton bud namun dengan tangkai yang lebih panjang
- Setelah sampai di nasofaring, swab akan didiamkan disana selama beberapa detik untuk menyerap lendir yang dibutuhkan
- Swab dikeluarkan dari hidung dengan gerakan memutar, atau swab mungkin juga diputar ketika masih berada di nasofaring
- Pengambilan sampel selesai
Sampel akan dimasukkan ke dalam tabung untuk dikirim ke laboratorium atau diperiksa di tempat, jika peralatan on-site tersedia dan memadai. Hasil tes bisa didapat dalam waktu kurang lebih 6 jam, namun bisa lebih lama bila sampel harus mengantri untuk diperiksa. [4]
Perbandingan PCR, Tes Antibodi dan TCM
Karena waktu sangatlah esensial dalam hal pemeriksaan Covid-19, maka tes yang digunakan di lapangan pun terus dievaluasi agar metode yang paling efektif lah yang bisa digunakan secara masif.
Bila dibandingkan dengan TCM (tes cepat molekuler), PCR memiliki banyak kesamaan mulai dari cara pengambilan sampel, sensitivitas, hingga waktu pemeriksaan yang relatif singkat. Namun, bila dibandingkan dengan tes antibodi, ada perbedaan yang cukup siginifikan: [4]
- PCR: bisa mendeteksi infeksi lebih awal dengan akurasi yang tinggi
Tes Antibodi: kurang akurat bila digunakan pada tahap awal infeksi - PCR: bisa langsung mendeteksi adanya RNA virus dalam sampel yang diperiksa
Tes Antibodi: mendeteksi secara tidak langsung keberadaan virus dengan mengukur respon kekebalan tubuh terhadap virus tersebut - PCR: menggunakan sampel yang diambil melalui swab nasofaring yang dimasukkan melalui hidung atau mulut (orofaring)
Tes Antibodi: menggunakan sampel darah yang diambil dari vena
Melihat tingkat spesifitas hasil tes, bisa dikatakan bahwa PCR lebih efektif bila digunakan dalam masa pandemi.
Kekurangan PCR
Karena sampel yang diambil harus dalam keadaan steril dan terjaga, maka bila diambil dalam lingkungan atau kondisi yang tidak ideal, bisa terkontaminasi. Akibatnya, hasil yang keluar bisa salah atau muncul sebagai negatif. [1, 4]
Ini sebabnya, PCR hanya boleh dilakukan oleh tenaga medis profesional yang sudah terlatih melakukan tes ini untuk memastikan sampel dalam keadaan murni sejak diambil hingga masuk ke tempat pemeriksaan. [1, 4]